정말 광범위 하네요. :) 참고하실 자료만 링크해 드립니다.
왠만한 자료는 포럼에 올라온 글을 잘 검색하셔도 대부분 나올 것 같습니다.

1. 참고자료
JTAG 관련 : JTAG는 H/W JTAG와 S/W JTAG를 이용하는데, 보통 H/W JTAG를 사용 합니다.
                  OpenICE A1000 - 6410용 디버깅 가이드
                  http://www.aesop.or.kr/?document_srl=42303
                  Trace32를 사용하실 경우는 리셀러인 MDS 테크놀러지 측에 문의하시면 친절하게 답변해 줍니다.
2. 부트로더
부트로더에 관한 자료는 이솝의 http://www.aesop.or.kr/?mid=board_lecture_os 에 있습니다.
이 외에 자료실에 보시면, 프로세서 별로 부트로더 관련 자료가 쌓여(?) 있습니다.

3. 이외에 참고할 수 있는 사이트나 문서...
솔직히 리눅스 관련 자료는 KELP 혹은 이 포럼에 자료가 많은 것 같습니다.
(아니면 구글...^^)

4. 부트로더를 보드에 맞게 만드는 과정
부트로더는 펌웨어 입니다. 따라서, 펌웨어를 하실줄 아신다면, u-Boot의 코드 구조만 잘 아시면,
쉽게 할 수 있습니다. 자료실에 이솝 2440, 6410용 부트로더를 다운 받아서 컴파일 하는 방법을 습득하시고,
http://www.aesop.or.kr/?mid=board_lecture_os 에 올라온 자료를 참고하시면 될 것 같네요.

사실 너무 광범위해서, 어떻게 답변 드려야 할 지 잘 모르겠습니다.

그리고, 삼성에서 제공하는 u-Boot나 이솝의 u-Boot나 틀린 점이 거의 없습니다.
(오히려 이솝에서 제공하는 u-Boot가 잡다한 버그를 수정한 부분도 있습니다.)

만약, 레퍼런스 보드를 참고해서 6410 보드를 만들었다면,
참고가 된 레퍼런스 보드용 S/W를 새로 만든 보드에 올려서 정상 동작하는지 부터 시험해 보시면 될 것 같네요.

정말 감사합니다..^^

어떻게 해야할지 정말 걱정 많이했는데..궁금증이 생기면 다시 글 올리겠습니다 ..^^;;